Sehr schwieriges Thema. Es gibt einige Komponenten die man zukaufen kann. Den moderatesten Preis hat derzeit die Subsembly FinTS Api als C# Variante primär für Windows-Umgebungen. Soll aber auch mit Mono laufen, wobei ich da schon von ein paar Problemen im Bereich der Zertifikate gehört habe.
Ansonsten kostet das meiste vier- und fünfstellig und ist dann aber stellenweise nicht für alle Betriebssysteme lauffähig oder kann dann teilweise kein FinTS sondern nur EBICS, weil das für Automationen besser geeignet ist.
Der Hibiscus Paymentserver auf Java Basis wäre noch eine Alternative, dessen Benutzung auf einem Webserver wird aber vom Autor ausdrücklich NICHT empfohlen.
Wenn du etwas einfaches z.B. in PHP findest würde ich mich über einen Hinweis freuen.